Soort detectie

Met environmental DNA is het mogelijk de aanwezigheid van een specifieke soort in een water aan te tonen. Het inventariseren van watergebonden organismen kan lastig zijn. Sommige soorten zijn moeilijk te vangen en zijn met tradionele methoden lastig te inventariseren. Voor dergelijke soorten betekent environmental DNA een revolutionaire doorbraak bij het veldonderzoek.

Environmental DNA richt zich op het DNA dat soorten in het water achterlaten. Dit DNA wordt verzameld door het nemen van watermonsters. Deze monsters worden vervolgens geanalyseerd via PCR met behulp van soortspecifeke primers (markers) die enkel hechten aan het DNA van de doelsoort. De resultaten worden op gel bekeken: enkel als er DNA van de doelsoort in het watermonster zit verschijnt er een streepje op de gel.

Klik hier voor meer informatie over soortdetectie en soorten waarvoor wij reeds succesvolle eDNA methoden hebben ontwikkeld.  

Soortensamenstelling

Een andere toepassing van environmental DNA is het bepalen van de soortensamenstelling in een water is de soortspecifieke methode niet geschikt (zie toelichting in hoofdstuk 4 van het review). Hiervoor is eDNA-metabarcoding de aangewezen methode. Bij deze methode wordt gebruik gemaakt van universele primers die al het in de watermonsters aanwezige DNA van een groep soorten (bijvoorbeeld vissen of amfibieën) vermenigvuldigen via PCR. Met de nieuwste DNA-sequencers worden vervolgens alle stukjes DNA omgezet in DNA-codes. Deze DNA codes worden daarna in een computersysteem vergeleken met een DNA referentie database met daarin de codes van alle doelsoorten. De computer rekent dan voor alle stukjes DNA uit van welke soort ze afkomstig zijn en op deze manier kan een soortenlijst worden samengesteld.  RAVON heeft veel onderzoek gedaan naar het inzetten van deze methode voor vissen en amfibieën. 

Klik hier voor meer informatie over het bepalen van de soortensamenstelling met behulp van environmental DNA.