Publicaties RAVON en SPYGEN (selectie)

Nederland:

• Herder, J.E. M. Groen & J. Kranenbarg, 2022. eDNA-metabarcoding vissen. Onderzoek naar de mogelijke toepassingen van eDNA voor de KRW vismonitoring (2018-2021). RAVON/STOWA rapport 2022-30 (download pdf) 
• Herder, J.E., J. Kranenbarg & A. Valentini, 2020. eDNA: gamechanger voor KRW-vismonitoring? Visionair 56: 9-11. (download pdf)
• Herder J.E., en J. Kranenbarg, 2017. eDNA metabarcoding vissen - Onderzoek naar de mogelijke toepassing van eDNA voor de KRW vismonitoring (2016), RAVON/STOWA rapport 2017-38 (download pdf)
• Herder J.E., en J. Kranenbarg, 2016. eDNA metabarcoding vissen – Verkennend onderzoek naar de mogelijke toepassing van eDNA voor de KRW
  vismonitoring, RAVON/STOWA rapport 2016-19. (download pdf)
• Herder, J.E., E. Bellemain, R. Witte, D. Bekker & M. La Haye, 2015. Noordse woelmuis inventariseren met eDNA. De Levende Natuur, jaargang 116 (2), pagina 67-69 (download PDF)
• Herder, J.E., A. Valentini, E. Bellemain, T. Dejean, J.J.C.W. van Delft, P.F. Thomsen en P. Taberlet, 2014. Environmental DNA - toepassingsmogelijkheden voor het opsporen van (invasieve) soorten. Stichting RAVON, Nijmegen. Rapport 2013-104. (download PDF Nederlands) (download PDF English)
• Herder, J.E., J. Kranenbarg, M. Beers, I. Bogerd en B. van der Wal, 2014. DNA heeft de toekomst – environmental DNA alternatief voor de KRW-visstandbemonstering? Visionair 34, pagina 8-11 (download PDF).
• Kranenbarg, J., A. de Bruin, F. Spikmans, J.E. Herder, J. de Jong en B. Prudon, 2014. Nieuwe inventarisatiemethode helpt bij behoud (beschermde) grote modderkruiper. H2O-online, 21 oktober 2014 (download PDF).
• Herder, J.E., J. van Delft, E. Bellemain and A. Valentini, 2013. Environmental DNA krachtig gereedschap voor het monitoren van fauna. De Levende Natuur, jaargang 114 (3), pagina 108-113 (download PDF)
• Herder, J.E., D. Bekker, R. Koelman and E. Bellemain, 2013. Noordse woelmuis en waterspitsmuis beter in beeld - net eDNA op het goede spoor. Zoogdier 24-2, pagina 8-10. (download PDF)
• Herder, J.E., J. Kranenbarg, A. de Bruin and A. Valentini, 2013. Op jacht naar DNA - Effectief zoeken naar grote modderkruipers.Visionair 28: 8-11. (download PDF)
• Herder, J.E., T. Termaat & A. Valentini, 2013. Environmental DNA als inventarisatiemethode voor libellen. Vlinders, 2013, nr 2, pagina 22-25. (download PDF)
• Herder, J.E, 2013. Environmental DNA zet de knoflookpad terug op de kaart. Schubben & Slijm nr 15, nieuwsbrief RAVON, pagina 15. (download PDF)
• Herder, J.E., A. Valentini & J. Kranenbarg, 2012. Detectie van grote modderkruipers met behulp van environmental DNA. H2O, nr 3, pagina 25-27. (download PDF) 
• Herder, J.E., A. Valentini. & J. Kranenbarg, 2012. Zoeken naar DNA-sporen. Environmental DNA als nieuwe bemonsteringsmethode voor vissen. Visionair, nr 23, pagina 4-7 (download PDF).
• Herder, J.E., J. Van Delft & T. Dejean. Environmental-DNA - een nieuwe inventarisatiemethode. RAVON, nr 44, pagina 32-38 (download PDF). 
• Herder, J.E, 2011. Pilot environmental DNA grote modderkruiper. Stichting RAVON. Rapport 2011-102.  

Internationaal:

• Spitzen ‐ van der Sluijs, A., T.  Stark, T. DeJean. E. Verbrugghe  J.E. Herder,  M. Gilbert, J. Janse,  A. Martel, F. Pasmans & A. Valentini, 2020. Using environmental DNA for detection of Batrachochytrium salamandrivorans in natural water. Environmental DNA. 2020;00:1–7.  http://doi.org/10.1002/edn3.86 (download PDF)
• Pawlowski, J. , M.K. Quinn, F. Altermatt, J. E Herder et al., 2018. The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems. Science of The Total Environment 637-638:1295–1310.  DOI: 10.1016/j.scitotenv.2018.05.002 (download pdf)
• Valentini, A., Taberlet, P., Miaud, C., Civade, R., Herder, J,E,., Thomsen, P. F., Bellemain, E., Besnard, A., Coissac, E., Boyer, F., Gaboriaud, C., Jean, P., Poulet, N., Roset, N., Copp, G. H., Geniez, P., Pont, D., Argillier, C., Baudoin, J.-M., Peroux, T., Crivelli, A. J., Olivier, A., Acqueberge, M., Le Brun, M., Møller, P. R., Willerslev, E. and Dejean, T. (2016), Next-generation monitoring of aquatic biodiversity using environmental DNA metabarcoding. Mol Ecol, 25: 929–942. doi:10.1111/mec.13428. (download PDF)
• Goldberg, C., R. Cameron R. Turner, K. Denier, P. Taberlet, J.E. Herder et al., 2016. Critical considerations for the application of environmental DNA methods to detect aquatic species.  May 2016Methods in Ecology and Evolution 7(11). DOI: 10.1111/2041-210X.12595 (download pdf)
• Dejean T., A. Valentini, A. Duparc, S.Pellier-Cuit, F. Pompanon, P. Taberlet en C. Miaud, 2011. Persistence of environmental DNA in freshwater ecosystems. PLoS ONE 6(8): e23398. doi:10.1371/journal.pone.0023398 (download PDF).
• Dejean T., A. Valentini, C. Miquel, P. Taberlet, E. Bellemain & C. Miaud, 2012. Improved detection of an alien invasive species through environmental DNA barcoding: the example of the American bullfrog Lithobates catesbeianus. Journal of Applied Ecology Volume 49, Issue 4, pag. 953-959. 
• Valentini A., F. Pompanon & P. Taberlet, 2009. DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology and Evolution 24, 110-117.
• Valentini A., C. Miquel & P. Taberlet, 2010. DNA Barcoding for Honey Biodiversity. Diversity 2, 610-617. (download PDF)